これについて、明確に書かれた法令や通達はないように思いますが、根拠としては、所得税法73条1項です。 以下条文 (医療費控除) 第七十三条 居住者が、各年において、自己又は自己と生計を一にする配偶者その他の親族に係る医療費を支払つた場合において、その年中に支払つた当該医療費の金額(保険金、損害賠償金その他これらに類するものにより補てんされる部分の金額を除く。)の合計額がその居住者のその年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額の百分の五に相当する金額(当該金額が十万円を超える場合には、十万円)を超えるときは、その超える部分の金額(当該金額が二百万円を超える場合には、二百万円)を、その居住者のその年分の総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額から控除する。 これを読む限り、個々の医療費について保険等で補填された金額を除いて、その後に合計するというな表現となっています。ですから、例えば、骨折で入院して10万円医療費を払い20万円保険金が下り、その後別の病気で入院して15万円医療費を払った場合には、まず骨折については、保険金で補填された部分を除くので0円、病気については、保険金で補填されたものがないので、15万円で合計15万円の医療費になる、という計算を前提にしていると思われます。 もし、全体の医療費から控除するのであれば、条文も「その年中に支払つた当該医療費の金額の合計額から、保険金、損害賠償金その他これらに類するものにより補てんされる部分の金額の合計額を控除するという表現になると思います。
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